用少女的性命来守护的世界勉强延续了下去，可饶是如此，只要天神再度发起攻势，苟延残喘的人类会在顷刻之间覆灭。
自此之后，西历废除，世界进入「神世纪」，如字面意，这是个需要依靠神才能生存的世界。
百不存…不，是千不存一。
神世纪出生的人类们，活动范围仅仅围绕着神树而展开，只能栖息在神树之壁内，一切的真相被“大赦”刻意掩盖，只有少数人才知道一切。
大赦认为，在神树的庇佑之下，人们只用安心地生活而不需要了解残酷的真相。
但神世纪二九八年，Vertex的入侵再度开始了，当时的三位勇者们向神树付出了难以想象的代价后，勉强将星座们一一“击退”。
注意，这仅仅只是击退而已。
大赦内部持续的讨论最终得到了一个结论——根据神谕知道，被迎头痛击的Vertex们暂时不会再次进攻。
但是一年或两年后，那些异形必定会再度瞄准神树袭来，在那之前必须研究并准备好相应的对策。
这次不能只是击退，而要找出可靠的消灭的方法，人类在这种时候往往能得到飞跃性得到进化。
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