又设立“御前参谋司”以谋略辅佐皇帝，分割了兵部的战略谋划之权；更提出“战守分途”的卫所改革，直指军制根本。
如此一来，兵部除了管理武官选授、图籍、驿传、后勤等日常事务，其核心的统兵、调兵、谋略之权将被剥离殆尽，确确实实被架空了。
朱由校听罢，微微颔首，脸上看不出喜怒，只是淡淡道：“赵爱卿所陈，条理尚算清晰。大体框架，便依此议。
至于其中具体细则，诸如各都督府辖地划分、卫所如何精简抽丁、战兵员额粮饷如何定额、参谋司如何遴选运作等，便由即将组建的‘御前参谋司’会同相关各部，详细商议后，再拟订具体章程，报与朕知。”
就在这时，户部尚书毕自严面露凝重，出列慎重地问道：“陛下，臣有一事不明。按此‘战守分途’之策，守备屯田兵需依靠屯田所得。
然时过境迁，各地卫所军田，多有被地方豪强、士绅侵占者，以致卫所无地可耕，军户无以自存。这……被侵占的军田，该如何处置？若无法收回，此策恐成无源之水啊。”
朱由校闻言，脸上露出一副仿佛听到什么奇怪问题的表情，他侧过头，目光平静地看着毕自严，语气带着一种理所当然的冷冽：
“毕爱卿，卫所之地，朝廷自有鱼鳞图册存档，一亩一厘，皆有记录。这有何难处？”
他顿了顿，声音不大，却字字如冰珠砸落在寂静的大殿上：
“自然是，谁强占了，就由谁给朕原封不动地吐出来。难不成，朕还要下一道圣旨，去表彰他们巧取豪夺、侵吞国帑、瓦解军屯的‘功劳’吗？”
此言一出，满殿皆静。那股冰冷的杀意，虽未明言，却已让许多人脊背发凉。他们知道，陛下要动的，绝不仅仅是军制而已。
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